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多种多样,强大的云计算项目

Ampliseq


用于Ion Torrent 多重PCR Ampliseq靶向测序数据分析,并采用MutScan回溯fastq文件验证突变


项目简介

Ampliseq可以灵敏准确检测肿瘤单样本靶向测序,如多重pcr靶向扩增测序数据。联合PowerScan6,MutScan算法,MutScan验证PowerScan6生成的vcf格式的变异。操作简单灵活方便,输入测序数据fastq,输出注释好的snp、Indel报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表、html文件。 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析并输出诊断报告。零生物信息学基础都可以快速完成复杂的肿瘤数据分析。有生物医学基础的技术人员通常几天内能掌握分析技能,胜任肿瘤数据分析工作。输出数据可以用Excel、MATLAB、R语言等工具进行后期分析。MutScan输出的报告直观展示每个变异reads支持数,减少单端测序容易产生的错误。

参考基因组 hg19

平台/数据

Ion Torrent测序平台,数据质量Q30>80%,无接头序列。


使用方法

上传测序数据文件至我的云盘,支持fq、fq.gz、fastq、fastq.gz后缀文件,推荐gz压缩格式。参见如何上传文件

1、点击选择文件按钮选择一个样本测序文件,仅支持一个测序文件。

2、点击计算参数按钮设置参数

3、点击提交云计算按钮

4、我的云计算下载结果

5、解压后用excel导入或打开filename.cosmic.txt/filename.txt进行分析。

本平台采用异步并行计算,可提交1000+计算请求,并可退出网站等待结果。

计算参数说明
target-positions:  选项为区间文件,一般后缀为bed,符合bed格式即可,本平台设CosmicAllGene.bed为默认。CosmicAllGene基因列表
min-qual:10~40的整数,默认30。最小碱基质量值,小于的忽略。
max-depth:1~500000的整数,默认20000,最大测序深度。
min-coverage:1~10000的整数,默认100,最小测序深度,小于的忽略。
min-var:1~1000的整数,默认2,突变最小的reads支持数。
min-var-freq:0~1的小数,默认0.001,突变最小的频率。
var-prob:0~1的小数,默认0.95,突变最小的可信度。
strandbias:0~0.5的小数,默认0.45,正链偏离0.5的量,值越大,结果越多。
min-average-qual:10~40的小数,默认30,设置位点碱基质量平均值的最小值。
是否删PCR重复的数据:  是否,默认否。


输出结果

输出结果压缩包中包含如下文件

filename.vcf          PowerScan6输出的vcf格式突变文件

filename.hg19_multianno.vcf       Annovar注释后vcf格式文件

filename.txt         格式转换成tab间隔并添加Hotscore值

filename.cosmic.txt         从filename.txt提取cosmic数据库中有记录的文件


表格内容

Chr:染色体号
Start:起始位点    
End:终止位点   
Ref:参考序列
Alt:变异序列,算法取起始位点位置上最多的变异,包括snp、indel,当同时有snp、indel,indel*2>snp时取indel。
Func.refGene:基因功能区
Gene.refGene:基因名称 
GeneDetail.refGene:基因描述   
ExonicFunc.refGene:基因功能编码区变化   
AAChange.refGene:氨基酸变化   
avsnp150:snp号,版本150。    
cosmic81:cosmic检索号及简要描述。   
cosmic_url :cosmic数据库链接,如果有多个检索号,取第一个。
ICGC_Id:ICGC ID号   
ICGC_Occurrence:统计信息。    
Hotscore:根据突变在肿瘤数据库中出现的频率,赋予分值,分数越高出现概率越高,作为先验概率相关值。  
Bscore:根据贝叶斯法则设计的打分,可以做为筛选肿瘤驱动突变指数。
DP:测序深度。
MN:最大突变reads支持数,Alt突变序列。
FREQ:变异频率。    
PROB:变异概率。   
BI:链偏好值,(forward_reads)/depth。
AQ:位点碱基质量平均值。

其余请链接此处 输出结果注释