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多种多样,强大的云计算项目

GATK3_WES


采用业内权威算法GATK3 UnifiedGenotyper,可以方便计算外显子SNP/INDEL变异。


GATK3_WES根据GATK3 UnifiedGenotyper开发而成,可以灵敏准确检测的外显子测序数据,GATK3是业内使用最广泛的遗传变异计算方法。操作简单灵活方便,输入测序数据fastq,输出注释好的snp、Indel报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表, 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析并输出诊断报告。零生物信息学基础都可以快速完成复杂的遗传疾病数据分析。有生物医学基础的技术人员一般几天内能掌握分析技能,胜任遗传数据分析工作。输出数据可以用Excel、MATLAB、R语言等工具进行后期科研分析。

参考基因组 hg19

平台/数据

Illumina各测序平台、BGISEQ系列产品。Paired-end测序,reads>70bp,数据质量Q30>85%,无接头序列。

 

使用方法

上传测序数据文件至我的云盘,支持fq、fq.gz、fastq、fastq.gz后缀文件,推荐gz压缩格式。参见如何上传文件

注:如果初次使用平台,请在我的云盘里新建一个以上文件夹,把文件上传至文件夹内。

1、点击对照文件按钮选择一对测序文件,例如SRR2496716_1.fastq.gz,SRR2496716_2.fastq.gz,仅支持Paired-end成对文件。

2、点击计算参数按钮设置参数

3、点击提交云计算按钮

4、我的云计算下载结果

5、解压后用excel打开相关文件进行分析。

本平台采用异步并行计算,可提交1000+计算请求,并可退出网站等待结果。