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VarScanSomatic   开始计算

VarScanSomatic模块是由华盛顿大学基因组研究所开发的开源算法,可用分析肿瘤有对照样本靶向测序数据,是业内最早用于深度测序数据分析的算法,速度快,结果稳定灵敏可靠,被广大肿瘤数据分析者所使用,同类算法中有最高的引用率。通过本公司二次开发,提供多个数据库注释结果snp、indel合并为一个文件。通过简单灵活的统一参数界面,输入fastq文件,输出注释好的vcf格式文件,并转换成表格,方便无生物信息基础的人员使用Excel分析。


PowerSomatic8   开始计算

PowerSomatic8在PowerSomatic6基础上,增加了微卫星不稳定性(MSI)计算模块,可以通过自主开发的分析平台直接输出snp、Indel、TMB、MSI检测报告。操作简单灵活方便,输入成对normal/tumor测序数据fastq、fastq.gz,输出注释好的snp、Inde、MSIl报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表, 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析。零生物信息学基础都可以快速完成复杂的肿瘤数据分析。


PowerScan6   开始计算

PowerScan6可以灵敏准确检测肿瘤单样本靶向测序,如多重pcr靶向扩增、探针捕获等测序数据。基于泊松分布模型,根据覆盖度、测序质量值等参数动态计算变异可信度。操作简单灵活方便,输入测序数据fastq,输出注释好的snp、Indel报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表, 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析并输出诊断报告。输出数据可以用Excel、MATLAB、R语言等工具进行后期科研分析。PowerScan6采用全局比对搜索,Indel检出率高于Varscan2。统计模型采用泊松分布,snp灵敏度优于Varscan2。snp、indel合并为一个文件,方便使用。


PowerSomaticX   开始计算

PowerSomaticX在PowerSomatic6基础上,增加了微卫星不稳定性(MSI)、拷贝数变异、结构变异计算模块,可以通过自主开发的分析平台直接输出snp、Indel、TMB、MSI、CNV、SV检测报告。操作简单灵活方便,输入成对normal/tumor测序数据fastq、fastq.gz,输出注释好的snp、Inde、MSI等报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表, 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析。


SingleSomatic   开始计算

SingleSomatic可以灵敏准确检测肿瘤单样本靶向测序体细胞变异,如多重pcr靶向扩增、探针捕获等测序数据。基于泊松分布模型,根据覆盖度、测序质量值等参数动态计算变异可信度。操作简单灵活方便,输入测序数据fastq,输出注释好的snp、Indel报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表, 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。


Ampliseq   开始计算

Ampliseq可以灵敏准确检测肿瘤单样本靶向测序,如多重pcr靶向扩增测序数据。联合PowerScan6,MutScan算法,MutScan验证PowerScan6生成的vcf格式的变异。操作简单灵活方便,输入测序数据fastq,输出注释好的snp、Indel报表,压缩文件包含vcf格式、矩阵表、html文件。 精选数据库注释,并根据变异分布规律,设计变异预期指数,快速准确筛选出肿瘤驱动变异。一般情况下只要Excel即可完成分析并输出诊断报告。MutScan输出的报告直观展示每个变异reads支持数,减少单端测序容易产生的错误。


VarScan2Somatic   开始计算

Varscan2 somatic 模块是由华盛顿大学基因组研究所开发的开源算法,可用分析肿瘤有对照样本靶向测序数据,是业内最早用于深度测序数据分析的算法,速度快,结果稳定灵敏可靠,被广大肿瘤数据分析者所使用,同类算法中有最高的引用率。通过本公司二次开发,灵敏度高,检测范围更广。通过简单灵活的统一参数界面,输入fastq文件,输出注释好的vcf格式文件,并转换成表格,方便无生物信息基础的人员使用Excel分析。


VarScan2   开始计算

VarScan2是由华盛顿大学基因组研究所开发的开源算法,可用分析单样本靶向测序数据,是业内最早用于深度测序数据分析的算法,速度快,结果稳定灵敏可靠,被广大肿瘤数据分析者所喜欢,同类算法中有最高的引用率。可用于单样本多重pcr扩增子,探针捕获测序数据分析。通过本公司二次开发,灵敏度高,检测范围更广。通过简单灵活的统一参数界面,无需命令行操作。输入fastq文件,输出注释好的vcf格式文件,并转换成表格,方便无生物信息基础的人员使用Excel分析。