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SomaticAnnovar   开始计算

SomaticAnnovar用于注释肿瘤相关测序VCF格式数据,有对照样本、单样本均可。精选肿瘤相关数据库,只要选择VCF格式数据文件,提交计算即可等待结果。


VarscanSomaticReport   开始计算

Varscan2 Somatic 输出结果VCF格式文件注释及分析报告系统,简单方便。Varscan2 somatic 模块是由华盛顿大学基因组研究所开发的开源算法,可用分析肿瘤有对照样本靶向测序数据,是业内最早用于深度测序数据分析的算法,速度快,结果稳定灵敏可靠,被广大肿瘤数据分析者所使用,同类算法中有最高的引用率。


mutect2report   开始计算

c_mutect2是c语言版本mutect2,业界最常用的GATK软件下的模块mutect2专用于检测normal/tumor 二代测序数据snv、indel。因 GATK mutect2用Java语言编写,速度非常慢。c_mutect2采用美国sentieon公司TNhaplotper算法,在工作流程和算法保持跟GATK mutect2一致的基础上,提高计算速度10倍以上。 克拉斯公司对算法增加测序深度控制参数,使用更加方便。当min-coverage-normal、min-coverage-tumor参数设为0时,结果与TNhaplotper/mutect2完全一样。